Við lok verslunareinokunarinnar hófst formleg verslun í Hvanneyrarhreppi 1788. Árið 1818 varð Siglufjörður löggiltur verslunarstaður og var þá orðinn til fyrsti vísir að þorpsmyndun á Siglufirði. Þá voru íbúar hreppsins 161, þar af 8 á Hvanneyri og 8 í kauptúninu. Á þessum tíma voru hákarlaveiðar stundaðar af kappi á opnum seglskipum, t.d. sexæringum og áttæringum.
Þegar leið á seinni hluta 19. aldar urðu miklar framfarir á Siglufirði í tengslum við vaxandi hákarlaútgerð. Hákarlinn var veiddur í miklum mæli á þilskipum í hafinu langt norður af Siglufirði. Lifrin úr hákarlinum var brædd og lýsið sem úr lifrinni fékkst flutt til Danmerkur. Hið verðmæta hákarlalýsi var notað til að lýsa upp stræti danskra borga og bæja.
Með þilskipunum varð Siglufjörður miðstöð hákarlaveiðanna fyrir Norðurlandi og réði því hið framúrskarandi hafnarlægi sem hér er og nálægðin við miðin.
